A primeira tentativa de povoamento da ilha das Flores nos Açores ocorreu por volta de 1480

A primeira tentativa de povoamento da ilha das Flores ocorreu por volta de 1480, na foz da Ribeira da Cruz, hoje no limite entre as freguesias da Caveira e de Santa Cruz das Flores, quando o aventureiro flamengo Willem van der Hagen, depois aportuguesado para Guilherme da Silveira, fundou uma pequena colónia com o objectivo de encontrar metais, possivelmente estanho, de que a ilha se dizia rica, provavelmente por ser então identificada como uma das míticas ilhas Cassitérides. Tendo permanecido na ilha cerca de dez anos, em abrigos escavados nas falésias da ribeira, desenganados quanto à riqueza mineral, os colonos acabaram por trocar as Flores pela ilha de São Jorge, onde foram fundar a Vila do Topo.

 A segunda tentativa terá ocorrido entre 1508 e 1510, ao que parece na costa da actual freguesia e vila de Santa Cruz, mas muito provavelmente através da instalação simultânea de colonos em Santa Cruz, nas Lajes e em Ponta Delgada. Foi a partir desta leva, que de facto iniciou a ocupação humana permanente da ilha, que veio a nascer a hoje vila de Santa Cruz.

Outro aspecto que modelou e distinguiu a vila de Santa Cruz, contribuindo para a sua primazia no contexto do Grupo Ocidental, foi a instalação de um convento franciscano, a única instituição religiosa do género que existiu naquelas ilhas. O Convento de São Boaventura, actual sede do Museu das Flores, começou a ser construído em 1642, ao que parece fruto de um voto feito pelo padre Inácio Coelho, natural das Flores, aquando do feliz sucesso da Restauração da Independência portuguesa de 1640. A sua igreja possui altares barrocos e tecto em madeira de cedro-do-mato em têmpera de grande valor artístico.

Os franciscanos tiveram nos Açores uma enorme influência no moldar do carácter das gentes, com destaque para a manutenção do culto do Divino Espírito Santo, assumindo quase em exclusivo as funções educativas. Onde se fundava um convento franciscano surgia de imediato as cadeiras de primeiras letras e de gramática latina. Foi o que aconteceu em Santa Cruz, criando o embrião daquilo que a partir da reforma pombalina seriam as escolas régias, a primeira das quais surgiu em Santa Cruz com a chegada, em 1792, de um professor de gramática latina e outro de primeiras letras. Contudo, esta foi melhoria de pouca dura, pois ao fim do triénio a que estavam obrigados, os professores abandonaram o lugar, que ficou vago durante muito anos por falta de opositores. Face a essa situação, voltaram a ser os franciscanos, e o seu Convento de São Boaventura, o único recurso educativo existente na ilha.