Confirmada a vitória pela retirada dos navios franceses, deu o marquês à vela para a ilha de S. Miguel, a mandar tratar dos feridos e fazer aguada; porém sobrevindo-lhe o vento contrário, não fundeou nela senão depois de quatro dias.Primeiro que tudo dirigiu-se a Vila Franca, enchendo de terror toda aquela costa, cujos habitantes mandaram logo assegurar-lhe a sua obediência.
No dia 1 de Agosto desembarcou em terra o mestre de campo D. Francisco de Bobadilla com quatro companhias de soldados, levando no meio todos os prisioneiros franceses, aos quais em alta voz e em público cadafalso se lhes leu uma sentença que os condenava à morte, como perturbadores da paz entre França e Castela. A sentença, assinada por D. Álvaro de Bazán, mandava degolar os nobres e enforcar os outros, excepto os que não chegavam à idade de 18 anos.
E sem embargo de que esta sentença parecesse a todos mui cruel, e os mesmos soldados espanhóis assim o vozeassem com a maior liberdade, dando ocasião a que alguns principais capitães fossem pedir a derrogação dela ao marquês, nada se efectuou: porque ele dizia que só executava os mandatos de el-rei de França, que estando em paz com Castela não permitiria que súbditos seus agissem como corsários atacando a armada castelhana.
E assim se cumpriu a sentença, decapitando-se 28 cavalheiros franceses, e 50 de menor condição, enforcados além destes muitos centos de soldados e marinheiros. Estas execuções foram feitas com grande lentidão e crueza, prolongando-se por todo o dia, sendo os corpos decapitados amontoados sobre o adro da matriz de Vila Franca. Parte dos marinheiros foram enforcados no ilhéu de Vila Franca, ficando os corpos a apodrecer nas forcas como aviso aos restantes franceses que ainda andavam embarcados nas ilhas.
Quanto aos da terra, só a um fidalgo de Vila Franca, que servia de vereador da Câmara, mandou degolar, e a outras condenou em penas menores.
Em 5 de Agosto foi à mesma vila o bispo D. Pedro de Castilho, e passou a bordo da armada a visitar o marquês, que o recebeu com muitas honras militares, como pessoa que tantos serviços prestara a el-rei Católico, sendo parte principal da sua aclamação naquela ilha; e também pela conservação do castelo de São Brás, que ele com D. João de Castilho guardaram, recolhendo dentro nele a D. Lourenço de Conuera quando se retirava do combate na ocasião em que os franceses tomaram a ilha. No mesmo dia desembarcou o marquês em terra, onde foi aceite com grande pompa, e embarcando-se para a cidade de Ponta Delgada, nela foi recebido em triunfo.
