Aurélio Pereira da Silva Quintanilha nasceu a 24 de Abril de 1892, na freguesia de Santa Luzia, concelho de Angra do Heroísmo, Ilha Terceira. Filho de Afonso Henriques da Silva e de Maria Carlota de Sousa Pereira. Cumpriu a instrução primária em Angra do Heroísmo, tendo-se revelado desde logo um excelente aluno. Frequentou o liceu de Ponta Delgada, na Ilha de São Miguel, onde concluiu o curso com distinção.
Em 1910, ruma para Lisboa, para assentar praça no Exército Português. Por sugestão do seu irmão, o Coronel Guilherme Quintanilha, vai para Coimbra cursar os preparatórios da Escola do Exército. Acabou, no entanto, por não concorrer à Escola do Exército. Matriculou-se nos preparatórios de Medicina, em Coimbra, que concluiu em três anos. Em 1913 muda-se para Lisboa, onde frequentou a Faculdade de Medicina.
Em 1915, Aurélio Quintanilha deixou a Faculdade de Medicina e matriculou-se no curso de Ciências Histórico-Naturais da Faculdade de Ciências da mesma Universidade, onde conclui a licenciatura, com distinção, em 1919.
No mesmo ano, concorre ao lugar de 1º assistente do Grupo de Botânica da Faculdade de Ciências de Coimbra e lecciona as aulas teóricas e práticas das disciplinas de Botânica Médica e Morfologia e Fisiologia dos Vegetais.
Posteriormente, é admitido na Escola Normal Superior. Faz exame de estado em 1921, para o qual apresenta a dissertação intitulada «Educação de hoje – Educação de amanhã», tendo sido aprovado com distinção, com a nota de 18 valores.
Passa a dedicar-se ao doutoramento, para o qual elabora a dissertação «Contribuição ao estudo dos Synchytrium». Doutorou-se em Ciências Histórico-Naturais, no ano de 1926. No mesmo ano concorre para professor catedrático de Botânica da mesma faculdade, apresentando como dissertação o trabalho «O Problema das plantas carnívoras – Estudo citofisiológico da digestão no Drosophyllum lusitanicum Link». Na Universidade de Coimbra, desempenhou, em 1927, os cargos de Director do Laboratório Botânico e Secretário da Faculdade de Ciências.
Em 1928, Quintanilha, parte para um estágio na Universidade de Berlim, onde desempenhou o cargo provisório de Leitor de Português, ao mesmo tempo que trabalhava no Pflanzenphysiologisches Institut. Em 1930, fez estágio no Kaiser Wihelm Institut für Biologie.
Em 1931, regressa a Coimbra, monta o seu laboratório e biblioteca, inicia a preparação dos seus colaboradores e retoma o ensino. Em 1932, publica o seu trabalho «Le problème de la sexualité Chez les Champignons».
Em maio de 1935 é afastado do serviço e aposentado, por revelar um espírito de oposição aos princípios do Estado Novo. Foi para o estrangeiro, onde percorreu várias centros científicos.
Em 1935, participa no V Congresso Internacional de Botânica, com a comunicação «Cytologie et génétique de la sexualité Chez les Champignons». A Academia das Ciências da Dinamarca atribui-lhe o prémio Emil Christian Hansen e o Governo Inglês atribui-lhe uma bolsa de estudo para prosseguir a sua carreira e investigações.
Instalou-se em Paris. Em 1937, é admitido na «Caísse Nationale de la Recherche Scientifique». Em 1939, em consequência da 2.a Guerra Mundial, alista-se como voluntário no exército francês. É desmobilizado e volta para Paris. Mais tarde regressa a Portugal, instalando-se na Estação Agronómica Nacional, onde trabalha por dois anos.
Em 1943, é-lhe atribuído, pela Academia das Ciências de Lisboa, o prémio Artur Malheiros, pelo trabalho “Doze anos de citologia e genética dos Fungos”. No mesmo ano parte para África, para dirigir os serviços de investigação e experimentação da Junta de Exportação do Algodão, em Lourenço Marques, e é nomeado director do Centro de Investigação Científica Algodoeira (CICA) em Moçambique.
Foram-lhe ainda atribuídos os prémios Hansen da Microbiologia (1937), Arthur Malheiros (1943) e o título de Doutor Honoris Causa pela Universidade de Witwatersrand, África do Sul (1947).
Das Sociedades Científicas a que pertenceu, salientam-se: a Sociedade Broteriana, a Societé Botanique de France, a Société Mycologique de France, a Deutsche Botanische Gesellschaft, a Sociedade Portuguesa de Ciências Naturais, Sociedade Portuguesa de Biologia e Sociedade de Estudos de Moçambique. Em 1958, foi também eleito sócio correspondente da Academia de Ciências de Lisboa.
Entre 1921 e 1960, Quintanilha publicou 47 trabalhos científicos e colaborou com muitos outros.
Com o 25 de Abril de 1974, Quintanilha solicitou a sua reintegração como professor catedrático de Botânica da Universidade de Coimbra. A 4 de Novembro do mesmo ano, teve lugar a última lição de Quintanilha na Universidade de Coimbra. Sete dias depois, a Sociedade Portuguesa de Genética tornou-o no 1.º sócio honorário da Sociedade. Em 15 de Fevereiro de 1983, mediante proposta do Presidente do Conselho Directivo do Museu, Laboratório e Jardim Botânico da Faculdade de Ciências de Lisboa, Prof. Fernando Catarino Mangas, foi-lhe concedido o grau de Doutor Honoris Causa. Em 1972, o Governo Português concedeu-lhe o Grau de Grande Oficial da Ordem Militar de Santiago da Espada e, em 1987, a condecoração da Ordem da Liberdade, que lhe foi imposta pelo, então Presidente da Republica, General Ramalho Eanes.
Morreu a 27 de Junho de 1987, em Lisboa.
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